Considerado a maior instituição cultural do país, foi reformado e reorganizado, sendo aberto ao público novamente em 2012 (ver Morashá 78). O novo design das galerias leva o visitante a uma viagem através do tempo, começando com a arqueologia e a pré-história, há um bilhão e meio de anos, e chegando até a arte contemporânea. Na mesma área geográfica estão o Santuário do Livro, onde se encontram os famosos Manuscritos do Mar Morto, além de outros textos antigos, e a maquete de Jerusalém do período do Segundo Templo.
O Museu de Israel mantém, ainda, anexos fora do seu campus, entre os quais o Museu Rockefeller, na parte oriental de Jerusalém, com sua coleção de arqueologia regional; o Centro de Arte Paley, também na zona oriental de Jerusalém, com programas específicos para crianças árabes; e a Casa de Ticho, uma galeria de arte e cafeteria situada em uma mansão centenária no centro de Jerusalém. Várias exposições temporárias também são apresentadas regularmente, bem como outras atividades, como palestras, oficinas, filmes, concertos e aulas de arte.